La implementación del Programa de Desarrollo Rural, a decir de Machalík, en años anteriores generó cierta preocupación, tanto por parte de los beneficiarios como de la Comisión, que criticaba la falta de transparencia en el proceso de evaluación de los proyectos y el acceso irregular a los fondos durante el período de programación.
Del total de 1.200 millones de euros concedidos para el mencionado período, desde 2014 hasta marzo de 2016 ya ha sido asignado el 85% de los fondos, es decir, 1.000 millones euros. Por eso, la CE estaba considerando la posibilidad de suspender la financiación de dicho programa y detener los proyectos contratados.
Ante tal situación, el Ministerio de Agricultura y la Agencia de Pagos Agrícola diseñaron un plan de medidas para hacer frente a las objeciones de la Comisión. "Nuestras propuestas de transparencia y control riguroso de la gestión de los fondos han sido aceptadas por la Comisión Europea. No ha quedado en entredicho el Programa de Desarrollo Rural de Eslovaquia" aseveró Juraj Kožuch, director general de Programa de Desarrollo Rural.
La Agencia de Pagos Agrícola comenzará próximamente un proceso riguroso de control de cada licitación, a la vez que verificará el derecho a determinados gastos y las solicitudes de pago.
Posteriormente, en otoño, la CE realizará una auditoría en la Agencia de Pagos Agrícola, que permitirá comprobar cómo se ejecutan las medidas implementadas.